Wanneer beginnend filmmaker Dean in een Airbnb gaat wonen, ontdekt hij al snel dat hij niet alleen is. Marcel, een klein, schattig schelpje, is zijn nieuwe huisgenoot die met zijn oma Connie (Isabella Rossellini) en hun huisdier Alan al langer in het huis woont. 

Ooit waren Marcel en Connie deel van een grote groep van schelpen, maar na een mysterieus drama zijn ze als enigen achtergebleven. Dean voelt zich meteen verbonden met zijn nieuwe vrienden en maakt hen het onderwerp van een documentaire, waarbij Marcel in korte tijd enorm populair wordt op het internet en zijn leven voorgoed verandert. Maar is het genoeg om zijn lang verloren familie weer terug te vinden?

'Marcel the Shell with Shoes On' is gebaseerd op Dean Fleischer Camp en Jenny Slate’s populaire korte films en succesvolle boeken. De film wordt genoemd als kanshebber voor de Oscar voor Beste Animatiefilm en heeft al vele harten veroverd.